Во времена второй войны шиноби Сарутоби член команды Второго Хокаге вместе с Шимурой Данзо, Акимичи Торифу, Утатане Кохару, Митокадо Хомура и Учихой Кагами. Вместе они уходят от преследования Кинкаку Бутай. Сарутоби хочет пожертвовать собой ради спасения своих товарищей, но второй Хокаге Тобирама не собирается рисковать жизнью своих учеников и остается задерживать врагов самостоятельно. После этого Тобирама передает Сарутоби титул Хокаге.
Будучи Хокаге и Сенсеем
Сарутоби Хирузен становится учителем Орочимару, Джирайи и Тсунаде. Так же как и Какаши, он проводит тест с колокольчиками. Когда Орочимару был его учеником, Сарутоби хочет назначить его своим преемником, однако со временем он понимает, что Орочимару хочет стать Хокаге только из-за власти и третий передает свой титул четвертому Хокаге. После смерти четвертого, Сарутоби возвращается на пост Хокаге. Он начинает искать причину исчезновения некоторых Шиноби и находит ее в Орочимару. Однако он не может остановить его и тот сбегает.
Нападение Кьюби на Коноху
Когда Девятихвостый лис-демон Кьюби напал на Коноху, Сарутоби, будучи в отставке, сдерживал его до прихода четвёртого Хокаге. Вместе с другими шиноби он использовал Дотон и не дал лису пройти в деревню, тем самым спасая жизнь многим людям. Когда Тоби попытался похитить маленького Наруто, принимавшая роды жена Сарутоби Бивако была убита Тоби. Смерть
Сарутоби проводит экамены на звание Чуунина, когда на деревню нападает Орочимару, сговорившись с Сунагакуре. Сам Орочимару, под видом Казекаге нападает на Сарутоби и начинается бой. В ходе сражения Сарутоби вынужден отдать жизнь, запечатав руки бывшего ученика, тем самым лишая его способности складывать печати. Сарутоби хоронят как героя Конохи и все присутствуют на его похоронах.
Так же Сарутоби против уничтожения клана Учиха, но другие старейшины, включая Данзо, втайне приказывают Итачи уничтожить всех в нём. Когда Саске оказывается "последним" из Учиха, Сарутоби присматривает за ним по просьбе Итачи, который после резни покидает Коноху, и защищает его от Данзо.
Характер
Сарутоби один из самых известных Шиноби в мире. Его спокойный характер всегда отражает в себе чуткого и заботливого Хокаге, который в первую очередь думает о своих товарищах. Как и все Хокаге, Сарутоби верит в Волю Огня и передает её своему сыну - Асуме. Так же Сарутоби увлекается сочинением стихов и любит стоять на крыше резиденции Хокаге и наблюдать небо над горой Хокаге.
Способности
В течении единственного сражения, в котором он участвовал, он использует множество атак на основе огня и земли. Дополнительно к этим техникам, он владеет техникой нейтрализации (術消, "Jutsu Shō"), которая позволяет ему остановить или предотвратить вражеское нападение тем, что он использует такое же количество чакры. К тому же третий может призывать короля обезьян, Енму, который способен превращаться в шест. Несмотря на все эти способности, третий был слегка похотливым, так как проводил много времени с женщинами. Когда Джирайя был его учеником, тот предложил ему выучить технику, которая позволяла бы ему незаметно подглядывать.