Чуунин («средний ниндзя») — в его обязанности входит руководство и наблюдение за небольшими группами других ниндзя. Шиноби этого разряда достигли уровня зрелости, которая, прежде всего, состоит из навыков лидерства и тактического мастерства. Некоторые из них, например, Ирука Умино, исполняют функции преподавателя; а другие, такие как Нара Шикамару, служат руководителями групп, отвечая за небольшие команды. Они должны с максимальной эффективностью принимать решения и использовать навыки ниндзя, находящихся под их командованием. После достижения уровня чунина шиноби может носить опознавательный боевой жилет, в котором хранятся ниндзюцу-свитки. Чуунина обычно посылают на миссии сложности C или B. Получение звания
Чтобы достигнуть уровня чуунина, генин вместе со своей командой должен принять участие в крупном экзамене ("Экзамене на звание чуунина"), который проходит дважды в год из-за растущего числа шиноби в деревнях. В прошлом каждая деревня проводила свой собственный экзамен, но после Третьей Мировой Войны Шиноби союзнические страны согласовались проводить его лишь в одном избранном селении, таким образом улучшая и укрепляя свои отношения.