В детстве, Минато был довольно талантливым шиноби и окончил Академию ниндзя в довольно раннем возрасте, в 10 лет. Позже он стал учеником легендарного саннина Конохи Джирайи. О его обучении в команде было известно совсем мало, кроме того, что Джирайя научил его призывать жаб.
Минато очень хорошо развивался за эти годы и создавал такие сильные техники как Расенган, у него ушло целых три года, чтобы полностью овладеть техникой. Хирайшин но Дзюцу тоже его творение. О его товарищах по команде до сих пор ничего неизвестно.
Команда Минато и Мировая война
После, Минато получил звание Джонина. Он был назначен лидером Команды Минато и стал сенсеем Хатаке Какаши, Учихи Обито и Рин. Рин была Ирьёнином, Обито был членом легендарного Клана Учиха, а Какаши потомком клана Хатаке. Во время Третьей мировой войны шиноби, Минато стал известен врагам как "Жёлтая молния Конохи". Какаши во время войны получил звание Джонина и получил в подарок от Минато особый кунай, немного тяжелее обычного, но более быстрый и острый. Последней миссией команды на войне, стало уничтожение моста Канаби, чтобы не позволить вражеским шиноби переправиться к Конохе.
Так как Какаши был того же звания, что и его сенсей, Минато назначил его командиром команды, а сам направился на другую мисиию. Он без труда уничтожил вражеских шиноби из Ивагакуре и завершил свою миссию, однако из-за ссоры между Какаши и Обито из-за чего последний погиб, а мисиия была провалена. Минато спас Какаши и Рин от смерти, придя им на помощь в самый ответственный момент, после того как Какаши метнул его подаренный кунай.
После окончания войны, Сарутоби Хирузен назначил Минато Четвертым Хокаге, потому что знал, что он не оставит других жителей деревни в беде и пожертвует своей жизнью ради их спасения. Другим кандидатом на пост Хокаге был Орочимару, но Сарутоби счел его методы слишком опасными для управления деревни, что и заставило саннина покинуть её. За это время Минато всё больше и больше сближался с Узумаки Кушиной. Однажды его сенсей представил свою очередную книгу, главным героем которой стал ниндзя по имени Наруто. Минато очень понравилось это имя и он со своей женой решил назвать своего будущего сына в честь героя этой книги, что не на шутку удивило Джирайю.
Вскоре после рождения Наруто, на Коноху напали Кьюби и человек в маске по имени Тоби. Минато тут же появился перед врагами. Ему удалось прогнать Тоби и прервать его контроль над Кьюби. Затем он призвал Гамабунту. Вместе они изо всех сил защищали деревню от атак лиса. Но силы были не равны и Минато это понимал. У него больше не оставалось другого выбора как с помощью Шиши Фуин запечатать лиса в тело своего сына. Прежде чем умереть, он попросил жителей деревни, чтобы они относились к Наруто как к герою спасшему Коноху, а не как к монстру. После его смерти Хирузену Сарутоби вновь пришлось стать Хокаге. Ещё Минато сражался с Эем и выйграл это сражение.
Битва с Тоби
После рождения Наруто, человек в маске под именем Тоби проникает в Коноху и похищает его. Минато удается спасти сына, но при этом его жена Кушина попадает в руки к Тоби. Затем Тоби извлекает из неё Кьюби и взяв его под контроль приказывает ему уничтожить Коноху. Минато вновь сталкивается с ним лицом к лицу. Тот пытается отправить его в своё измерение, однако Хокаге использует Хирайшин но Дзюцу и пробивает его защиту, тем самым ударяя его в спину.
Битва с Кьюби
После небольшого сражения с Кьюби, Минато запечатывает инь чакру в тело Наруто. После этого он герметизирует янь чакру Курамы, ключ от которой зранится в жабе по имени Геротора. Инь Чакру он запечатывает при помощи Фуиндзюцу: Шики Фуджин, тем самым отдавая свою жизнь.
Последнее появление
Во время атаки Пэйна на Коноху печать на теле Наруто ослабла. Девятихвостый почти захватывает разум Наруто и высвобождает восемь хвостов. Минато появляется в сознании Наруто благодаря части своей Чакры, оставленной в Наруто специально для такого случая, дабы обновить печать. Там он также сообщает Наруто, что именно он - его отец и приносит свои извинения сыну, из-за того, что тому пришлось пережить за всю свою жизнь. Во время их разговора, Минато говорит Наруто, что в ту ночь, во время нападения Кьюби на Коноху, им управлял человек в маске. На прощание, он говорит своему сыну, что верит в его силу и то что он верит что в будущем, Наруто принесет истинный мир. Он возобновляет печать Наруто и исчезает. Из-за этого, к Наруто вновь возвращается Сенчакра, что помогает Наруто победить Пэйна.
Способности и техники
Минато изобрел и освоил несколько очень сложных дзюцу, таких как Расенган на создание которого он потратил три года. Таким образом он надеялся создать идеальный поток Чакры в форме маленького шара. К сожалению он не успел закончить это мощное дзюцу, из-за того что погиб. Другой не менее опасной техникой Минато стал Хирайшин но дзюцу. Из-за этого самого дзюцу и цвета своих волос он и получил свое прозвище "Жёлтая молния Конохи". Кроме того, он обладал способностью определять по ощупи почвы местонахождение и численность врага. Также Минато создал основы Шурикен Каге Буншин но Дзюцу, однако неизвестно на каком этапе техники он владел ею.